Der Verlust des Lebensraumes stellt für Fledermäuse grundsätzlich eine große Bedrohung dar. Gesetzliche Grundlage für den Schutz der Tiere bildet in Deutschland das Bundesnaturschutzgesetz in Verbindung mit der Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie. Obwohl die Fledermaus dadurch unter strengem Naturschutz steht, sind heute viele Arten gefährdet. 17 von 24 Arten werden in den Gefährdungskategorien der Roten Liste geführt, darunter auch die Fledermäuse im Thüringer Wald.

Dort, an der Strecke Nürnberg-Berlin durch den Thüringer Wald, hat die Deutsche Bahn künstliche Fledermaushöhlen errichtet - als Ausgleich für den Eingriff in die Lebensräume der Fledermaus durch die Neubaustrecke und den künftigen Überholbahnhof bei Theuern. Beim ersten Hinschauen übersieht man sie zwar leicht, doch insgesamt neun künstlich errichtete Fledermaushöhlen ziehen sich bisher an der Böschung entlang, allesamt aus großquadrigen Kalkblöcken gebaut, mit Kiesmaterial hinterfüllt und anschließend mit kleinerem Kalkgestein überschüttet. Noch sind sie unbewohnt, aber ab dem nächsten Herbst sollen sich verschiedene Fledermausarten – vor allem die graue Langohr- und die Mopsfledermaus – in den künstlichen Höhlen unweit der ICE-Trasse zum ersten Winterschlaf niederlassen.

Die Ersatzquartiere wurden unter Mitwirkung der Naturschutzbehörden errichtet. Dort ist man optimistisch, dass die Domizile bald besiedelt werden. In etwa 1,50 Meter Tiefe liegend und mit einer Länge von sechs bis acht Metern bieten die neuen Höhlen ideale Bedingungen für den Winterschlaf der Tiere. Die Optik im Inneren der Höhle erinnert an einen Bergwerksstollen mit unzähligen Klüften, an denen sich die Tiere ansetzen können. Der Lärm, der an der ICE-Trasse durch die vorbeibrausenden Züge entsteht, störe die Fledermäuse dabei nicht, sagt Gunter Berwing von der Unteren Naturschutzbehörde. Fledermäuse würden sich ja auch auf den Dachböden von Kirchen wohl fühlen und auch das ständige Läuten der Glocken störe sie da wenig.