Vom 27. November 2007 bis zum 4. Mai 2008 präsentierte das DB Museum die Schau "Go easy Go Bahn. 200 Jahre Bahn und Werbung". Zahlreiche Plakate, Merchandising-Artikel und Werbespots vermittelten spannende Einblicke in die deutsche Werbegeschichte.

Das DB Museum erinnerte mit einer Sonderausstellung an das fünfzigjährige Jubiläum der legendären TEE-Züge. Mit vielen Originalfotos, interessanten Infos und historischen Filmdokumenten rund um den TEE.

Vom 2. Dezember 2006 bis zum 1. April 2007 präsentierte das DB Museum Bilder von der Eisenbahn in China - einem der letzten Dampflokparadiese der Welt. Nicht nur Eisenbahnfreunde waren beeindruckt.

Die Ausstellung „Bahn frei! Neue Strecken – Neue Technik – Die Bahn 2006“ präsentiert vom 13. Mai 2006 bis 29. Oktober 2006 drei Großprojekte der Deutschen Bahn, die 2006 fertig gestellt und in Betrieb genommen werden.

Aus dem Dunkel der Depots und Sammlungen wurden faszinierende Kuriositäten ans Licht befördert: von einer Puffersammlung über Hundefahrkarten und den offiziellen Aprilscherzen der Bundesbahn. Jedes Fundstück erzählte eine Geschichte aus der Welt der Eisenbahn.

Vom 3. Juli bis 29. August 2004 präsentierte das DB Museum eine Ausstellung des Staatsarchivs Würzburg und des Instituts für Zeitgeschichte. Sie zeigte die wiederentdeckte Fotosammlung zu den Deportationen von Juden aus Würzburg und Umgebung.