Herstellerbedingte Fahrzeugmängel und Managementfehler im Unternehmen führten die S-Bahn Berlin in eine Krise, die Leistungseinschränkungen nach sich zogen. Eine neue Geschäftsführung wurde eingesetzt, die mit zusätzlichem Personal und erweiterten Werkstattkapazitäten an der Behebung der Qualitätsmängel arbeitete. Andere Unternehmensbereiche der Deutschen Bahn unterstützten mit Personal und Sachleistungen. In den Jahren 2009, 2010 und 2011 wandte die S-Bahn Berlin über 140 Millionen Euro auf, die sie als Entschuldigungsleistung an die Fahrgäste zurückgab. Insgesamt 400 Millionen Euro wurden zusätzlich von der Deutschen Bahn in die Fahrzeugflotte investiert.