S-Bahn-Züge fuhren ab dem 2. Juli 1990 auf der Stadtbahn wieder durch, ab dem 1. September hielten sie auch auf den unterirdischen „Geisterbahnhöfen“ der Nord-Süd-Bahn. Eine Ausnahme blieb der Potsdamer Platz, der erst ab dem 1. März 1992 wieder in Betrieb genommen wurde.