Der Mauerbau zerschnitt mit der Stadt auch das Berliner Nahverkehrssystem. Verbindungen wurden gekappt, Bahnhöfe zugemauert, der Bahnhof Friedrichstraße wurde zum streng gesicherten Grenzübergang ausgebaut. Zwei eigenständige S-Bahnsysteme entstanden, beide von der Deutschen Reichsbahn (Staatsbahn der DDR) betrieben.