Auf der gesamten Stammstrecke ist von Freitag, 3. Mai (ca. 22.30 Uhr) durchgehend bis Montag, 6. Mai (ca. 4.40 Uhr) kein S-Bahn-Verkehr möglich. Aus Richtung Westen fahren die S-Bahnen nur bis Pasing, Hauptbahnhof oder Heimeranplatz, aus Richtung Osten nur bis Giesing oder Leuchtenbergring. Die S8 wird über den Südring umgeleitet, hält als einzige Linie am Ostbahnhof und stellt somit eine direkte Verbindung zwischen Ostbahnhof und Pasing her.

So fahren die einzelnen Linien:

• Die S1 beginnt/endet am Hauptbahnhof, vereinzelt auch in Moosach. Zwischen Moosach und Hauptbahnhof fährt sie ohne Zwischenhalt und nur im 20- bis 40-Minuten-Takt.
• Die S2 fährt im Westen zwischen Petershausen und Heimeranplatz im Halbstundentakt und ohne Halt zwischen Obermenzing und Heimeranplatz. Zwischen Altomünster und Dachau gilt der reguläre Fahrplan. Im Osten fährt die S2 nur ab/bis Leuchtenbergring (ab dort weiter mit der Tram 19/21. Ein barrierefreier Umstieg zur Tram 19 ist in Berg am Laim möglich).
• Die S3 entfällt zwischen Pasing und Giesing.
• Die S4 fährt nur zwischen Geltendorf und Pasing.
• Die S6 fährt im Westen nur ab/bis Hauptbahnhof (ohne Halt zwischen Pasing und Hauptbahnhof) und im Osten nur bis Leuchtenbergring (ab dort weiter mit der Tram 19/21. Ein barrierefreier Umstieg zur Tram 19 ist in Berg am Laim möglich).
• Die S7 fährt im Westen nur bis Hauptbahnhof (ohne Halt Hackerbrücke) und im Osten nur bis Giesing.
• Die S8 fährt über den Südring ohne Halt zwischen Ostbahnhof und Pasing sowie ohne Halt am Leuchtenbergring. Zwischen Ismaning und Flughafen besteht aufgrund von weiteren Bauarbeiten 40-Minuten-Takt.

Für S-Bahn-Fahrgäste gibt es folgende alternative Fahrtmöglichkeiten:

• SEV zwischen Pasing und Hauptbahnhof fast durchgehend alle 10 Minuten.  
• Regionalverkehr zwischen Pasing und Hauptbahnhof sowie zwischen Ostbahnhof und Hauptbahnhof.
• U-Bahn: Die U5 verbindet mehrere Stationen der Stammstrecke und den Heimeranplatz miteinander. Auch in Feldmoching, Moosach, Giesing, Trudering, Neuperlach Süd und Harras können U-Bahnen genutzt werden.
• Tram: Die Linie 19 verläuft zwischen Pasing und Berg am Laim weitgehend parallel zur Stammstrecke und fährt auf Bestellung der S-Bahn Freitag- und Samstagabend alle zehn statt alle 20 Minuten. Samstag und Sonntag tagsüber alle fünf statt alle zehn Minuten.
• Bus: Die Linie 130 verbindet Pasing u.a. mit der Station Westendstr. (U5). Die Busse fahren auf Bestellung der S-Bahn am Samstag von 9 bis 22 Uhr im dichteren 10-Minuten-Takt – sonst alle 20 Minuten.