Trotz der Bahnreform bleibt der Bund gesetzlich verpflichtet, den Erhalt der Schienenwege zu finanzieren. Dieser Pflicht kommt er vor allem mit der Leistungs- und Finanzierungsvereinbarung (LuFV) nach. Die LuFV ist das zentrale Instrument zur Finanzierung von Investitionen zum Erhalt des Bestandsnetzes. Daneben finanziert der Bund Sonderprogramme und stellt mit dem GVFG-Bundesprogramm eine weitere besondere Finanzierungsquelle für große Projekte des Aus- und Neubaus von S-Bahnstrecken und Bahnhöfen bereit.

Da diese Mittel jedoch nicht ausreichen, um das von den Fahrgästen wie den Aufgabenträgern des Schienenpersonennahverkehrs gewünschte Modernisierungstempo zu realisieren, hat die DB Station&Service AG mit fast allen Ländern Rahmenvereinbarungen zur Co-Finanzierung von Bahnhofsumbauten mit Landesmitteln geschlossen. Diese Rahmenvereinbarungen nehmen zumeist die Form mehrjähriger regionaler Bauprogramme an. In den Ländern ohne Rahmenvereinbarungen fördern Länder und/oder Aufgabenträger notwendige Aus- und Neubaumaßnahmen per Einzelvereinbarung und/oder Förderbescheid.

Die Eigenmittel der DB Station&Service AG werden zum einen aus Stationspreis- und Mieteinnahmen generiert und zum anderen über die DB AG am Kapitalmarkt aufgenommen. Mit diesen werden hauptsächlich Instandhaltungsmaßnahmen an Bahnhöfen sowie die Sanierung von Empfangsgebäuden finanziert, da Bundes- und Landesmittel dort nur begrenzt eingesetzt werden können. 

Über den Bedarfsplan Schiene werden Aus- und Neubaumaßnahmen für den Fern- und Güterverkehr finanziert. Da die Bahnhöfe entlang der Ausbaustrecken als Folge der Maßnahmen des Netzes betroffen sind, ist dieser Finanzierungstopf auch von Bedeutung für die DB Station&Service AG, wenngleich in untergeordnetem Maße.