Im Bereich Ostbahnhof sowie zwischen Pasing und Laim stehen weniger Gleise zur Verfügung. Zwischen Ostbahnhof und Leuchtenbergring ist kein S-Bahn-Verkehr möglich, auf der übrigen Stammstrecke sind weniger Linien unterwegs: Lediglich die S3 und S7 fahren wie gewohnt, auch die S2 fährt durch die Stammstrecke:

• S1 beginnt/endet am Hauptbahnhof und hält nicht an der Hackerbrücke.
  Ab/bis Feldmoching und Moosach kann auch die U-Bahn genutzt werden.
• S2 entfällt zwischen Ostbahnhof und Leuchtenbergring.
• S3 verkehrt ohne Einschränkungen.
• S4 entfällt zwischen Pasing und Trudering.
• S6 fährt im Westen nur ab/bis Hauptbahnhof und hält nicht zwischen Pasing und Hauptbahnhof. Im Osten beginnt/endet die S6 am Leuchtenbergring.
• S7 verkehrt ohne Einschränkungen.
• S8 entfällt zwischen Pasing und Johanneskirchen (SEV zwischen Ostbahnhof und Johanneskirchen wegen Oberleitungsarbeiten).