S1: beginnt und endet am Hauptbahnhof (ohne Halt zwischen Moosach und Hauptbahnhof).

S2: fährt nur zwischen Petershausen/Altomünster und Hauptbahnhof (ohne Halt zwischen Obermenzing und Hauptbahnhof) sowie zwischen Riem und Erding.

S3: fährt nur zwischen Mammendorf und Pasing sowie zwischen Giesing (U2) und Holzkirchen.

S4: fährt nur zwischen Geltendorf und Heimeranplatz (U5).

S5: fährt nur zwischen Kreuzstraße und Giesing (U2).

S6: fährt nur zwischen Tutzing und Hauptbahnhof (ohne Halt zwischen Pasing und Hauptbahnhof) sowie zwischen Trudering (U2) und Ebersberg.

S7: fährt regulär, hält allerdings nicht an der Donnersbergerbrücke und verkehrt am Hauptbahnhof von Gleis 5 bis 10. 

S8: fährt nur zwischen Herrsching und Pasing sowie zwischen Johanneskirchen und Flughafen.