Die Inbetriebnahme eines ESTW ist ein hochsensibler, kontinuierlicher Prozess, der nicht unterbrochen, pausiert und wieder aufgenommen werden kann. Ein Eingriff in den Ablauf ermöglicht keinen S-Bahn-Betrieb und würde das Risiko technischer Fehler erheblich erhöhen.

Aufgrund des reduzierten Angebots ist zeitweise mit einer hohen Auslastung der beiden durch die Stammstrecke verkehrenden Linien zu rechnen. Die S-Bahn empfiehlt für Fahrten zwischen Innenstadt und Hauptbahnhof daher, auch die anderen MVV-Verkehrsmittel zu nutzen, etwa via Sendlinger Tor (U1/U2) oder Odeonsplatz (U4/U5). Zwischen der Innenstadt und Pasing können Fahrgäste neben der S-Bahn außerdem den Regionalverkehr ab/bis Hauptbahnhof sowie die S4 ab/bis Heimeranplatz (U5) nutzen.