Aufgrund der weiträumigen Umleitung von Fern- und Güterverkehr ist auch Niedersachsen von der Generalsanierung der Strecke Hamburg–Berlin betroffen. Direkte Züge zwischen den beiden größten Städten Deutschlands fahren über den eingleisigen Abschnitt Uelzen–Salzwedel. Daher müssen einige Zugfahrten im Nahverkehr entfallen und werden durch Busse ersetzt.

Änderungen ergeben sich für die RB 47 (Uelzen–Bad Bodenteich–Braunschweig). Während der Bauphase fahren die Züge nur alle zwei Stunden die komplette Verbindung. In der anderen Stunde fahren zwischen Uelzen nach Bad Bodenteich Busse. In Bad Bodenteich besteht dann Anschluss an die Züge von und nach Braunschweig.

Die Züge der Linie RE 20 (Uelzen–Salzwedel–Stendal–Magdeburg–Schönebeck) entfallen tagsüber vollständig zwischen Salzwedel und Uelzen. Für die entfallenden Züge kommen Busse zum Einsatz, teilweise fahren zusätzlich Expressbusse ohne Zwischenhalt zwischen Uelzen und Salzwedel.

Die RB 40 (Braunschweig–Helmstedt–Magdeburg) fährt weiterhin im Stundentakt. Es entfallen die zusätzlichen Fahrten in den Hauptverkehrszeiten zwischen Braunschweig und Helmstedt, mit Ausnahme eines morgendlichen Zugpaares.

Betroffen ist auch die stark frequentierte Strecke RE 50 von Braunschweig nach Wolfsburg. Die enno-Züge verkehren während der Bauphase an allen Tagen im Stundentakt statt im Halbstundentakt. Zusätzlich fahren montags bis freitags sechs Züge früh morgens von Braunschweig nach Wolfsburg und drei zusätzliche Züge in die andere Richtung. Es wird keinen Ersatzverkehr mit Bussen geben. Dieser ist aufgrund der deutlich längeren Fahrtzeit nicht attraktiv für die Fahrgäste.