Die Umleitung der Fernverkehrs- und Güterzüge über die Bahnstrecke Stendal–Uelzen hat zur Folge, dass die Züge des Nahverkehrs auf dieser Strecke teilweise entfallen müssen. Dies betrifft insbesondere die beiden eingleisigen Streckenabschnitte Stendal–Hohenwulsch und Salzwedel–Uelzen.

Die Züge der Linie RE 20 Schönebeck-Bad Salzelmen–Magdeburg–Stendal–Uelzen entfallen zweistündlich zwischen Stendal und Hohenwulsch sowie tagsüber vollständig zwischen Salzwedel und Uelzen. Für die entfallenden Züge sind Busse im Einsatz, teilweise auch Expressbusse. Da im Rahmen der Generalsanierung Hamburg–Berlin auch der Bahnhof Wittenberge vollständig gesperrt ist, enden die Züge der Linie S 1 Schönebeck-Bad Salzelmen–Magdeburg–Stendal–Wittenberge bereits in Osterburg. Von dort fahren Ersatzbusse über Wittenberge und Perleberg bis zum Anschlussknoten in Quitzow. In Quitzow sind mehrere Buslinien miteinander verknüpft, sodass Anschlussverbindungen in Richtung Ludwigslust, Schwerin und Berlin bestehen.

Um trotz der baubedingten Einschränkungen weitgehend flexible Fahrtmöglichkeiten zu erhalten, werden sowohl das Zugangebot auf der S1 zwischen Stendal und Osterburg, als auch die Ersatzbusse von Osterburg nach Wittenberge am Wochenende verdichtet, sodass täglich Fahrtmöglichkeiten im Stundentakt zwischen Stendal und Wittenberge bestehen.

Für Fahrten aus der Altmark nach Berlin, die regulär mit Umstieg in Wittenberge erfolgen, bestehen in der Bauphase zeitlich günstigere Reisemöglichkeiten über Stendal. Zwischen Stendal und Berlin besteht neben dem ICE-Angebot eine zweistündliche Direktverbindung mit Regionalexpresszügen.