Die Züge der S2 fahren von Bergedorf über den Hauptbahnhof weiter nach Dammtor, Sternschanze, Holstenstraße und Diebsteich. Von Diebsteich fahren sie auf dem gleichen Laufweg zurück nach Bergedorf.

Die S2 ist als sogenannter Taktverstärker für den Fünf-Minuten-Takt der Bergedorfer S-Bahn von Montag bis Freitag in den Hauptverkehrszeiten unterwegs und bietet eine direkte Verbindung zu den Stationen auf der Verbindungsbahn.