Die Züge der S7 von Bergedorf/Aumühle nach Altona fahren ab Hauptbahnhof durch den Citytunnel mit Halt in den Stationen Jungfernstieg, Stadthausbrücke, Landungsbrücken, Reeperbahn und Königstraße. In der Gegenrichtung von Altona nach Bergedorf/Aumühle fährt die S7 über die Verbindungsbahn mit Halt in den Stationen Holstenstraße, Sternschanze, Dammtor und Hauptbahnhof weiter nach Bergedorf/Aumühle.

Die S7 bildet den Grundtakt der Bergedorfer S-Bahn.